Uno de los mayores tesoros que alberga nuestra Basílica Menor son sus dos órganos musicales. Al decir que son un tesoro no exagero. Al órgano principal, de estilo barroco andaluz, le falta un año para completar dos siglos y medio de existencia, desde que en 1772 fuera colocado en el mismo lugar que hoy ocupa en silencio. Es uno de los más antiguos e importantes de Andalucía, si no el que más, obra de un prestigioso constructor, José Casas, que lo fue también de varios de los que existen en El Escorial y del de la catedral de Jaén.
Sus dos teclados y la sonoridad espectacular que debió tener y la "dulzura de voces" que alababa el archivero municipal Cardenas Burgueto a comienzos del pasado siglo darían un concierto de ensueño, en conjunción con el otro órgano de menor tamaño, procedente del convento de Santo Domingo que, originalmente, tenía 788 tubos —supongo que habrá perdido muchos de ellos— pues está afinado (o estaba) en el mismo tono del órgano mayor. El que fuera alcalde de la Ciudad, Fernando Gago, tenía pensado un plan para este segundo órgano.